Progimnazinių klasių ugdymas vyksta lietuvių kalba pagal ŠMM patvirtintą programą.

VIMS priima mokinius, baigusius pradinę mokyklą, į pagrindinio ugdymo programos 5 klasę. 
 
Įgiję pradinį išsilavinimą, mokiniai pradeda mokytis pagal pagrindinio ugdymo programą, kuri trunka 6 metus.
 
Ugdymas gali vykti ir už mokyklos ribų: muziejuose, parkuose, išvykose koreguojant ugdymo procesą. Mokyklos mokymosi aplinka   sudaro galimybes mokinių aktyviam ugdymui, mokymuisi individualiai ir įvairaus dydžio grupėmis, praktinei, eksperimentinei, teorinei ir kitokiai veiklai. O mokytojams sudarytos galimybės dirbti inovatyviai, naudojant šiuolaikines mokymo technologijas: spartesnį internetą, intranetą, interaktyviąsias lentas, kompiuterius, modernią kabinetų ir klasių įrangą, biblioteką ir kt.
 
Privaloma pagrindinio ugdymo programa sudaryta iš dviejų dalių: I dalis – ketverių metų, įgyvendinama 5–8 klasėse, ir II dalis – dvejų metų, įgyvendinama 9–10   klasėse. Antrosios užsienio kalbos pradedama mokytis 6 klasėje.
 
Mokiniui iki 16 metų mokytis privaloma.
 
Baigę pagrindinio ugdymo programą ir norėdami įgyti pagrindinio ugdymo išsilavinimą, mokiniai laiko pagrindinio ugdymo pasiekimų patikrinimą. Laikomi privalomieji lietuvių kalbos (gimtosios)  ir matematikos pagrindinio ugdymo pasiekimų patikrinimai.
 
Įgiję pagrindinį išsilavinimą, toliau mokiniai gali mokytis pagal vidurinio ugdymo programą.
 
Siūloma rinktis tarptautinės Kembridžo mokymo programos neformaliojo švietimo pamokas.
 
Pagrindinio ugdymo plane yra šie mokomieji dalykai:
 
Dorinis ugdymas (pasirinktinai – etika/tikyba), lietuvių kalba, anglų kalba, matematika, gamta ir žmogus, informacinės technologijos, istorija, kūno kultūra, choreografija, darbai/technologijos, dailė, muzika, žmogaus sauga.